A ação passa-se num mosteiro católico localizado num deserto do que em tempos fizera parte do território dos Estados Unidos, depois de uma guerra nuclear, que praticamente destruiu a humanidade. A história desenvolve-se em três períodos separados por vários séculos, à medida que a civilização é reconstruída. Na primeira parte, Fiat Homo, o cenário é uma nova Idade das Trevas, 600 anos após uma guerra nuclear, onde o mundo destruído é assolado por bestas, mutantes e salteadores. Após a hecatombe nuclear, a ciência e os cientistas foram responsabilizados e expurgados pela turba. Com o grande expurgo, os cientistas buscaram santuário em mosteiros católicos. O conhecimento técnico-científico ficou perdido em meio às ruínas, preservado apenas em resquícios indecifráveis por monges de novas ordens influenciadas pelos cientistas que foram nelas recebidas. Um desses monges encontra, com a ajuda de um estranho andarilho (o Judeu Errante das lendas), um esquema de montagem de uma peça de máquina pertencente à São Leibowitz, um cientista-monge instaurador da ordem ao qual ele pertencia.